非淋菌性尿道炎(NGU)的主要病原体为沙眼衣原体，占40%～50％，其次为支原体，占20％～30％，其他病原体还包括道滴虫、单纯疱疹病毒、白色念珠菌、阴道嗜血杆菌及包皮杆菌等。在这里主要讨论由沙眼衣原体和支原体所致的尿道炎，它们的临床表现基本相似。
1．衣原体 呈球形，可用姬姆萨染色，不能用革兰染色，在微粒物中的性状界于立克次体和病毒之间。衣原体对热敏感，在５6—60~C仅能存活5一10分钟；能耐受低温，在冷冻条件下可存活数年。
2．支原体 是最小最简单的独立生活的原核生物。它没有图定形态，形态随环境而变化，在液体中可呈球形、环形和丝状；它段有细胞壁，只有三层结构的细胞膜。已知有13种支原体可在正常人体中分离出来，可引起非淋菌性尿道炎的支原体为人型支原体(MH)，解脲支原体(UU)和生殖道支原体(GU)。解脲支原体（惟一确认的一种)具有尿素酶活性，能分解尿素。人型支原体，其带点是生长时需要类固醇物质。支原体是一种独立生活的原核生酎，直径大约100—200ｕm。人型支原体菌落较大，直径在300—1 000ｕm。典型菌落具有“油煎蛋”的外观。支原体在常温下不耐干燥，对热敏感，人型支原体对外界环境抵抗力弱，45—55℃经5—15分钟即告死亡；冷冻干燥环境可存活1年以上。对石炭酸，来苏尔等化学清毒剂比细菌敏感。感染人体后，通过黏附于宿主细胞的受体上，引起细胞膜损伤或由于代谢产物产生毒性作用。衣原体除可引起尿道炎、眼结膜炎外，还可引起附睾炎、前列腺炎、宫颈炎、阴道炎、输卵管炎及盆腔炎等。新生儿通过产道可被感染发生眼结膜炎、肺炎。男性同性恋者，可患直肠炎及咽炎。